«上一篇
文章快速检索     高级检索
下一篇»
  新医学  2016, Vol. 47 Issue (3): 146-149  DOI: 10.3969/j.issn.0253-9802.2016.03.003
0

引用本文 [复制中英文]

李晓敏, 张萍萍, 陈泽娜, 曹双燕, 魏秋静, 古洁若. 中国南方地区体检人群rs9263726等位基因频率的分析[J]. 新医学, 2016, 47(3): 146-149. DOI: 10.3969/j.issn.0253-9802.2016.03.003.
[复制中文]
Li Xiaomin, Zhang Pingping, Chen Zena, Cao Shuangyan, Wei Qiujing, Gu Jieruo. Analysis of allele frequency of rs9263726 in physical examination population from South China[J]. Chinese Journal of Ship Research, 2016, 47(3): 146-149. DOI: 10.3969/j.issn.0253-9802.2016.03.003.
[复制英文]

通讯作者

古洁若，E-mail：gujieruo@163.com

文章历史

收稿日期: 2015-11-20
Contents              Abstract              Full text              Figures/Tables              PDF
中国南方地区体检人群rs9263726等位基因频率的分析
李晓敏, 张萍萍, 陈泽娜, 曹双燕, 魏秋静, 古洁若     
510630 广州，中山大学附属第三医院风湿免疫科
收稿日期: 2015-11-20
通讯作者: 古洁若，E-mail：gujieruo@163.com
摘要: 目的 了解中国南方地区体检人群单核苷酸多态性(SNP)rs9263726位点等位基因频率。方法 纳入中国南方地区191名健康体检者，从全血中提取DNA，采用Sanger测序法对所有DNA样本进行检测，分析rs9263726位点等位基因频率。结果 rs9263726 位点突变纯合子AA基因型频率为1.57%，野生纯合子 GG、突变杂合子GA的基因型频率分别为87.43%、10.99%，A等位基因携带率为12.57%，频率为7.07%。GG分型者的年龄及性别与GA及AA者比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论 中国南方地区健康体检者rs9263726位点存在突变，该突变无年龄、性别倾向性。
关键词: rs9263726    基因频率    
Analysis of allele frequency of rs9263726 in physical examination population from South China
Li Xiaomin, Zhang Pingping, Chen Zena, Cao Shuangyan, Wei Qiujing, Gu Jieruo     
Rheumatic Department, the Third Affiliated Hospital of Sun Yat-sen University, Guangzhou 510630,China
Corresponding author, Gu Jieruo,E-mail: gujieruo@163.com
Abstract: Objective To investigate the allele frequency of single nucleotide polymorphism (SNP) rs9263726 in the physical examination population from South China. Methods In this study, 191 healthy individuals receiving physical examination were enrolled. DNA sample was extracted from the whole blood and subject to Sanger sequencing to detect the allele frequency of rs9263726. Results The allele frequency of variant homozygote A/A at rs9263726 was 1.57%, 87.43% for wild homozygote G/G, 10.99% for mutant heterozygote G/A. The allele frequency of A was 7.07%, and 12.57% for carrier frequency of A. Age and gender did not significantly differ between the individuals carrying G/G and their counterparts carrying G/A or A/A (both P>0.05). Conclusions The mutation of allele frequency of rs9263726 was observed in the physical examination population from South China. This mutation had no age or gender preponderance.
Key words: rs9263726    Allele Frequency    

别嘌醇是黄嘌呤氧化酶的抑制剂，可阻止次黄嘌呤和黄嘌呤代谢为尿酸，减少尿酸的生成，是治疗痛风的首选药。随着药物的大量使用，其不良反应日益突出，主要是与用药相关的药疹情况。别嘌醇可引起中毒性表皮坏死松解症(TEN)、重症渗出性多形红斑药疹(SJS)及药物超敏综合征(HSS)等严重皮肤不良反应(SCAR)，发生率约5%，致死率高[1]。2005年Hung等[2]首次发现台湾汉族人群HLA-B*58:01等位基因与别嘌醇引起SCAR强相关。在中国大陆汉族人群中也随后发现这种相关性，并且轻微型和严重型皮肤不良反应与HLA-B*58:01均呈强相关[3]。但是，由于HLA分型技术及基因本身的复杂性等原因，难以在临床检测中普及。日本研究者Tohkin等[4]发现单核苷酸多态性(SNP)rs9263726位点A等位基因与别嘌醇引起SCAR相关，并与HLA-B*58:01呈完全连锁不平衡。因此，rs9263726 A等位基因期望能代替HLA-B*58:01，成为别嘌醇致SCAR的预测因子，并指导痛风患者的用药，而目前国内相关研究较少。为此，本研究检测南方地区汉族体检人群SNP rs9263726等位基因频率，并探讨其与性别、年龄的关系，现报告如下。

对象与方法

一、研究对象

2013年在我院收集191名籍贯为南方地区的汉族健康体检者，男107名，女84名，年龄(46.6±10.2)岁，来自广东143名，其他地区48名。入组对象血清尿酸水平均正常。

二、方 法

1. 标本采集及资料收集

采集所有入组对象的静脉血检测rs9263726位点等位基因，同时记录研究对象的样本编号、性别、年龄、籍贯等资料。入组患者均已签署知情同意书。

2. rs9263726等位基因的检测

以盐析法提取DNA，采用Sanger测序法对所有DNA样本进行检测。将提取所得模板DNA行PCR扩增。rs9263726序列来自GeneBank数据库。应用Primer Premier 5.0设计引物，由达安基因公司合成。引物序列如下：上游5'-ACCCCACTAGCTTTGTCCTC-3'；下游 5'-GTCCTTTGCC TGCACACCA-3'，产物长度为370 bp。反应体系50 μl：模板DNA 10 μl，5倍缓冲液10 μl，5 mmol/L Betain(Sigma，美国)8 μl，2.5 mmol/L脱氧核糖核苷三磷酸(Promega，美国) 0.5 μl，10 μmol/L 上游引物 1 μl，10 μmol/L下游引物 0.3 μl，Taq热启动酶(Sigma，美国)0.4 μl，重蒸水19.8 μl。PCR扩增程序为50℃ 预变性3 min，95℃变性15 min，94℃变性30 s，55℃维持40 s，72℃延伸40 s，共45个循环，最后72℃延伸7 min，4℃保存。扩增产物交由苏州金唯智测序公司测序，用ABI 3730xl DNA分析仪的毛细管电泳和荧光染料终止技术对样品进行分析。使用生物编辑序列校准编辑器查看测序峰图。测序图底峰不高，信号较均一，无衰减信号，并与美国国立生物技术信息中心(NCBI)比对确认目的序列。分析SNP rs9263726位点等位基因分型及频率，并总结其他亚洲人群rs9263726(G>A)的相关研究结果。

三、统计学处理

数据采用SPSS 20.0软件进行统计学分析。计量资料以 ± s表示，组间比较采用成组设计t检验；计数资料以频数(构成比)描述，组间比较采用χ2检验；对基因型频率分布进行Hardy-Weinberg遗传平衡检验。P < 0.05为差异有统计学意义。

结果

一、南方地区健康体检人群SNP rs9263726位点基因型确定

191例标本测序结果如图 1所示，野生型(GG)及突变型纯合子(AA)表现为单一峰，杂合型表现为套峰(AG)。

图 1 rs9263726多态性位点测序分型测序峰图

二、南方地区健康体检人群rs9263726的基因型分布

191例标本中，GG基因型167例，频率为87.43%；GA基因型21例，频率为10.99%；AA基因型3例，频率为1.57%。G为优势等位基因，等位基因频率为92.93%(359/382)，携带率为98.43(188/191)；A的等位基因频率为7.07%(6/382)，携带率 12.57%(24/191)。基因型频率分布符合Hardy-Weinberg遗传平衡(χ2=5.079，P=0.079)。

三、南方地区健康体检人群中rs9263726不同等位基因分型者的年龄、性别比较

因GA及AA分型较少，故将其合并计算，结果示rs9263726位点GG分型者的年龄及性别与GA及AA者比较差异无统计学意义(t=0.060，P=0.953；χ2=0.038，P=0.845)，见表 1。

表 1 南方地区健康体检人群rs9263726不同基因型的个体分布

四、中国南方地区与其他亚洲人群rs9263726(G>A)的基因频率分析

目前对rs9263726的研究较少，且多为地区性的小群体研究，其他亚洲人群的rs9263726(G>A)相关研究结果见表 2。

表 2 国内外健康志愿者rs9263726(G>A)等位基因频率
讨论

自2005年Hung[2]等首次报道中国台湾汉族人51个别嘌醇致SCAR患者均携带HLA-B*58:01基因后，陆续在多个国家包括中国香港和大陆等地区也发现HLA-B*58:01与服用别嘌醇致SCAR强相关[3, 7]。携带HLA-B*58:01等位基因的中国汉族患者服用别嘌醇发生皮肤过敏反应的风险较未携带此基因型的汉族人群风险比增加339倍[3]。在中国，痛风的患病率为0.15%~1.98%，而使用别嘌呤醇治疗的患者中发生HSS大约为1:260(0.4%)，SCAR发病率和致死率增加，病死率可高达26%[8]。

2012年美国风湿病学会痛风指南指出中国汉族人和泰国人应用别嘌醇前应行HLA-B*58:01等位基因检测[9]。但由于HLA分型的血清学分型和基因分型各有不足，难以在临床工作中广泛开展。寻找替代的分子遗传标志物成为研究重点。

最近一项中国汉族人群的HLA-B等位基因的药物反应和疾病风险的标签SNP研究中，发现7个SNP位点可标记HLA-B*58:01，其中的rs9262570(C>T)T等位基因标记HLA-B*58:01的敏感度和阴性预测值均为100%，但其阳性预测值较低，仅76.4%，未能排除假阳性情况[10]。

日本的全基因组关联分析研究纳入14例别嘌醇SJS/TEN患者和991名健康人，也提示了HLA-B*58:01和别嘌醇相关SCAR密切相关(OR=62.8，P<0.001)[4]。该研究也发现其他几个分别位于BAT1、HCP5、MICC和PSORS1C1基因的SNP与别嘌醇相关的SJS或TEN有关(OR>61，P < 0.001)。在206例日本个体分析显示，位于PSORS1C1 基因rs9263726的SNP与HLA-B*58:01呈完全连锁不平衡(r2=1.000，D'=1.000)。提示rs9263726(G>A)可作为预测日本人群发生别嘌醇致SJS/TEN的分子标志物。随后的研究采用PCR-RFLP法检测rs92637263种基因型，发现在日本的美籍华人rs9263726位点A等位基因频率为0.105，远高于当地日本人群[5]。最近，一项中国人群rs9263726(G>A)A等位基因替代HLA-B*58:01作为预测别嘌呤醇致SCAR发生分子标志物的可行性研究发现，HLA-B*58:01和PSORS1C1 rs9263726(G>A)多态位点间呈强连锁不平衡(r2=0.902，D'=0.966)。rs9263726(G>A) A等位基因用于预测该人群别嘌呤醇致SCAR发生的敏感度、特异度、阳性预测值和阴性预测值分别为91.30%、88.89%、90.32%和90.00%，提示诊断效能良好[6]。

本研究发现在中国南方地区健康体检人群中，rs9263726(G>A)AA突变纯合子携带率为1.57%，A等位基因频率达7.07%。在ENSEMBL网页数据库搜索到的千人基因组计划中，北京汉族人rs9263726位点A等位基因频率为0.087(18例)；而南方汉族人等位基因频率为0.062(13例)，远高于日本人群的等位基因频率0.014(3例)，且与本研究结果相符合。在Allefrequencies数据库搜索到中国南方汉族人HLA-B*58:01的等位基因频率为0.089(284例)，与rs9263726位点A等位基因频率相近。本研究中，野生型和突变型纯合子与杂合子比例在性别上无差异，提示该位点突变无性别倾向性。

目前rs9263726(G>A)与HLA-B*58:01的关联分析尚少，样本量不大。若rs9263726 位点A等位基因与HLA-B*58:01的连锁不平衡关系在其他人群也能得到证实，那么，相对易分型的rs9263726(G>A)A等位基因可望成为临床预测别嘌醇致SCAR风险的替代分子遗传标志物。

参考文献
[1] 周晓明. 药物超敏综合征12例临床分析. 新医学, 2007, 38 (4): 240-242.(1)
[2] Hung SI, Chung WH, Liou LB, Chu CC, Lin M, Huang HP, Lin YL, Lan JL, Yang LC, Hong HS, Chen MJ, Lai PC, Wu MS, Chu CY, Wang KH, Chen CH, Fann CS, Wu JY, Chen YT.HLA-B*5801 allele as a genetic marker for severe cutaneous adverse reactions caused by allopurinol.Proc Natl Acad Sci U S A, 2005, 102(11):4134-4139.(2)
[3] Cao ZH, Wei ZY, Zhu QY, Zhang JY, Yang L, Qin SY, Shao LY, Zhang YT, Xuan JK, Li QL, Xu JH, Xu F, Ma L, Huang HY, Xing QH, Luo XQ.HLA-B*58:01 allele is associated with augmented risk for both mild and severe cutaneous adverse reactions induced by allopurinol in Han Chinese. Pharmacogenomics, 2012, 13(10):1193-1201.(3)
[4] Tohkin M, Kaniwa N, Saito Y, Sugiyama E, Kurose K, Nishikawa J, Hasegawa R, Aihara M, Matsunaga K, Abe M, Furuya H, Takahashi Y, Ikeda H, Muramatsu M, Ueta M, Sotozono C, Kinoshita S, Ikezawa Z; Japan Pharmacogenomics Data Science Consortium.A whole-genome association study of major determinants for allopurinol-related Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis in Japanese patients.Pharmacogenomics J, 2013, 13(1):60-69.(3)
[5] Maekawa K, Nishikawa J, Kaniwa N, Sugiyama E, Koizumi T, Kurose K, Tohkin M, Saito Y.Development of a rapid and inexpensive assay for detecting a surrogate genetic polymorphism of HLA-B*58:01: a partially predictive but useful biomarker for allopurinol-related Stevens-Johnson syndrome/toxic epidermal necrolysis in Japanese.Drug Metab Pharmacokinet, 2012, 27(4):447-450.(2)
[6] 熊艳. 中国人群别嘌呤醇致严重皮肤不良反应的遗传标志物研究.中南大学,2014.(2)
[7] Chiu ML, Hu M, Ng MH, Yeung CK, Chan JC, Chang MM, Cheng SH, Li L, Tomlinson B.Association between HLA-B*58:01 allele and severe cutaneous adverse reactions with allopurinol in Han Chinese in Hong Kong.Br J Dermatol, 2012, 167(1):44-49.(1)
[8] Yeo SI.HLA-B*5801: utility and cost-effectiveness in the Asia-Pacific Region.Int J Rheum Dis, 2013, 16(3):254-257.(1)
[9] Khanna D, Fitzgerald JD, Khanna PP, Bae S, Singh MK, Neogi T, Pillinger MH, Merill J, Lee S, Prakash S, Kaldas M, Gogia M, Perez-Ruiz F, Taylor W, Lioté F, Choi H, Singh JA, Dalbeth N, Kaplan S, Niyyar V, Jones D, Yarows SA, Roessler B, Kerr G, King C, Levy G, Furst DE, Edwards NL, Mandell B, Schumacher HR, Robbins M, Wenger N, Terkeltaub R; American College of Rheumatology.2012 American College of Rheumatology guidelines for management of gout. Part 1: systematic nonpharmacologic and pharmacologic therapeutic approaches to hyperuricemia.Arthritis Care Res (Hoboken), 2012, 64(10):1431-1446.(1)
[10] Liu X, Sun J, Yu H, Chen H Wang J, Zou H, Lu D, Xu J, Zheng SL.Tag SNPs for HLA-B alleles that are associated with drug response and disease risk in the Chinese Han population.Pharmacogenomics J, 2015, 15(5):467-472.(1)